В Костанае первый аэропорт был построен в 1937г. Он находился в 3 км северо-восточнее нынешнего около жд станции. Со строительством нового аэродрома в конце 70-х годов старый стал использоваться в качестве спортивного. 

Новый аэродром с 1980 по 2000 гг. использовался в качестве аэродрома совместного базирования, на котором базировался транспортный авиационный полк. В 2018-19 гг. была осуществлена реконструкция ИВПП (искуственной взлетно-посадочной полосы), которая была удлинена на 300 м до 2814 м. Также ИВПП была уширена до 60 м. Это позволило принимать принципиально новые самолеты и обслуживать больше рейсов. После реконструкции аэропорт смог принимать крупногабаритные грузы.