Қостанайдағы алғашқы әуежай 1937 жылы салынған. Ол қазіргіден солтүстік-шығысқа қарай 3 км жерде теміржол вокзалының жанында орналасқан. 70-жылдардың аяғында жаңа аэродромның салынуымен ескісі спорттық аэродром ретінде пайдаланыла бастады.

1980 жылдан 2000 жылға дейін жаңа аэродром көліктік авиация полкі орналасқан бірлескен аэродром ретінде пайдаланылды. 2018-19 жылдары жасанды ұшу-қону жолағы (AILS) қайта жаңғыртылды, ол 300 метрге ұзартылып, 2814 метрге жетті. Сондай-ақ AILS 60 м-ге дейін кеңейтілді. Бұл түбегейлі жаңа ұшақтарды қабылдауға және көбірек рейстерге қызмет көрсетуге мүмкіндік берді. Қайта құрудан кейін әуежай ірі габаритті жүктерді қабылдауға мүмкіндік алды.